Se realizan monitoreos de manera continua para identificar las especies de funga del Jardín Botánico Haravéri, con énfasis en los hongos macroscópicos, esto incluye tanto a las formas fungoides como a los Myxomycetes. Esto se realiza de la mano del Laboratorio de Micología de la Universidad de Guadalajara. Se han identificado aproximadamente 180 individuos, una gran parte de estos podrían ser especies nuevas, ya que se estima que esta zona alberga aproximadamente 4300 especies de hongos, de los cuales un 10 o 20% deben ser macroscópicos. Destaca la presencia de especies de importancia biocultural.